第七界層のドアクダー宮殿では、龍神丸を倒したザン兄弟が得意満面。対するドン・ゴロ将軍は、虎王のヤンチャぶりにひたすら困り顔だ。ドン・ゴロが教育係をつとめる虎王は、なんとドアクダーの息子。宮殿での暮らしに飽き飽きした虎王は、魔神邪虎丸に乗って下界へと飛び出してしまう――。
　一方、龍神丸を復活させるため、ワタルたちは森に湧くという「復活の聖水」を求めて第五界層へとやって来た。だが、そこは水も空気も汚れきった、公害の世界。ヒマワリ村もヘドローナの魔神工場のせいで、すっかりヘドロとスモッグにまみれてしまっていた。

蝶の後について旅するワタルたちは、スモッグの渦を抜け、ついにセリーヌの森にたどり着く。そこで出会った謎の少年・虎王は、明るく頑丈なヒミコがいたく気に入った様子。彼女をヨメにすると言い残して去る虎王に、ワタルたちはア然とするばかりだった。
　「復活の聖水」を探し歩くワタルたちは、森の番人であるビビンバから「セリーヌの花」を見せてもらう。100年に一度だけ咲くという、この花の蜜こそが「復活の聖水」なのだ。しかし、分厚いスモッグのせいで日光を浴びることができず、花はいまだ蕾のまま。そこでクラマは、空神丸をスピンさせながら上昇、空を覆うスモッグを打ち払っていく。雲間から差し込む太陽の光に、固く閉ざされていた蕾がほころびはじめた…。

清らかな水に恵まれたイタロウ村は、創界山でも指折りの水郷。しかし、クサーヤが水源である万人沼を汚してしまい、村人たちは川で泳ぐことも、魚を食べることもできない。村の老婆・バーサンから事情を聞き、万人沼を訪れる一行だが、ヘンな花の毒にヒミコが倒れてしまう。ヒミコの熱を下げるには、万人沼の中州に生えている万人草が必要だ。しかし、沼はあらゆるものを溶かすヘドロに汚染され、中州に渡ることができない。ワタルたちはバーサンに教えられ、ヘドロにも耐えられるというフシー木で舟を造り、沼に漕ぎ出すのだが…。

ヒミコの父・幻龍斎を仲間に加えたワタルたちは、ホーリーウッドがあるというランラン村にやって来た。だが、村を支配するバッド・マックスは大のレースマニアで、魔神ハングリオンを駆って人々を追い回すのが楽しみ。しかも、ハングリオンの排気ガスを吸うと、足が勝手に走り出してしまうというオマケつきだ。
　バッド・マックスに、魔神以外の乗り物を使うこと、負けた方が村から出ていくことを条件に村一周スピードレースを挑まれたワタルは、タマンゴに乗って参戦。レースには虎王と、村の少年・イチローも参加する。虎王の狙いはもちろん、勝ってヒミコをヨメにすることだ。ワタルのタマンゴ、マックスのバイク、虎王のジャレオンが一斉にスタートをきり、激しいデッドヒートを繰り広げる。

マンニーン仙人から、ヨカッタネという種子を託されたワタルたち。これを聖地ホーリーウッドに埋めれば、第五界層をもとに戻すことができるのだ。一行は、その場所を知るという占い師・コノミーを訪ねてコロガッテルの里にやって来た。里の人々は、コノミーが予言した「巨大な救世主」ワタルの到来に大喜び。そう、コロガッテルは、人形のように小さな人々が住むミニチュアの国なのだ。しかし、里はプカプカ工場が落とすゴミで汚れ放題。しかも、肝心のコノミーは、ヨメ・ハーン、ムコ・ハーン夫妻によって工場に閉じこめられているという。
　ワタルたちは幻龍斎の「打ちでのハンマー」で小さくなり、紙飛行機に乗って空飛ぶプカプカ工場へと忍び込む…。

コノミーの占いに従い、ワタルたちはドラゴンシティを目指す。しかし、第五界層のボス、アック・スモッグルのせいで、市街はゴミだらけ。「大切なこと」が記されているという石碑も、巨大パイプが吐き出すゴミに埋もれてしまっている。その石碑に、緑龍の手がかりがあるかもしれない。そう考えたワタルたちは、スコップ片手にゴミの山と格闘する。そこに現れた虎王と競争し石碑を掘り当てるも、大昔の文字で記されているため誰にも読めない。虎王は辞書を取りに家に帰り、残されたワタルたちは知恵者である幻龍斎に解読を頼んではみたものの…。

南へと旅を続けるワタルたちは、ついに聖地ホーリーウッドにたどり着く。しかし、ヨカッタネを埋めさせまいと、スモッグルが辺り一帯を強力コンクリートで舗装し、その上に巨大工場を建ててしまった！　かつて豊かな森だったその場所には、カムロギと呼ばれる大木があり、第五界層のシンボルにもなっていた。しかし、今は工場が垂れ流すヘドロや煙に汚染され、見る影もない。スモッグルのワナをかいくぐり、工場から人々を解放するワタル。しかし、ヨカッタネを埋める土がどうしても見つからない。固いコンクリートに穴を開けることもできず、途方に暮れるワタルたち。

第五界層の虹をもとに戻し、ワタルたちは第六界層へとやって来た。第六界層は、魔法が支配する世界。ここ、グーグー村でも、ビビデ・ババ・デブー、ビビデ・オージ親子が魔法で男たちを眠らせ、女たちを城の舞踏会に強制参加させている。それも、オージのお后を選ぶためだけに。
　さっそく城へと向かうワタルたちだが、さすがに入れるのはヒミコのみ。そこに現れたのが、オージの母であるババだ。ババはワタルたちに味方するフリをし、魔法でドレスを出してやる。きらびやかなドレスに、すっかり乗り気のシバラク。言葉使いも何だかアヤしくなっている。ババに武器を預け、ワタルたちはどうにか城に潜入することができたのだが…。

不思議なことばかりが起きるという獅子の滝。そこに現れた虎王と競争しつつ、ワタルたちはイカダに乗って川を下りはじめる。お菓子でヒミコの気を引く虎王と、あの手この手でヒミコを取り返そうとするワタル。夢中で競争するうち、ワタルたちは見覚えのある風景――獅子の滝に戻ってしまう。ここは、出口のない不思議な川なのだ。
　滝から落ち、気絶した一行が目を覚ますと……なんとワタルは犬に、シバラクはカバに、虎王はトラに変身していた！　そこに、ババの次男であるビビデ・シシ・カバブーが魔神ヘルライガーで襲来。龍神丸を呼ぶ力も封じられ、絶体絶命のワタルは…。

川を下ってきたワタルたちは、人面樹が生い茂る不気味な森に流れ着いた。人々はビビデファミリーのひとり、ビビデ・セイキマ・ツーの魔法により、木に変えられていたのだ。
　人々をもとに戻そうと、一行はセイキマ・ツーが住む魔神墓場に乗り込む。そこは、今までに倒した魔神たちが眠る場所。かつてワタルを苦しめたドラクロス、ムーンウルフ、コンボスが……セイキマ・ツーの魔力に呼応し、ゴースト魔神として次々と墓からよみがえりワタルたちに襲いかかってくる。しかし、幽霊相手に、ワタルたちの攻撃はほとんど通用しない。龍神丸を呼んだワタルに対し、セイキマ・ツーは魔神エレファントム2号で対抗する。