戦部ワタルは、やんちゃで元気な小学4年生。図工の時間、粘土細工のロボットの出来上がりを同級生たちと勝負するワタルだったが、ワタルの作った不格好なロボットはクラスメイトの笑い者に……。何気なくポケットに手を入れると、赤い勾玉が入っていた。それは登校途中、龍神池で拾ったが、祟りが怖いので置いてきたものだ。不思議に思いながらも勾玉をロボットの首にかけると、たちまちクラスの人気者になってしまう。ロボットを「龍神丸」と名づけ上機嫌のワタルは、帰りがけに龍神池を訪れたその時、突如池から金色の龍が現れ、光に包まれた…。

ふしぎな玉を取りに行くため、ドッコイ山の双ッ龍岩へ向かっていたワタルと龍神丸。しかし、龍神丸は必要な時に呼ぶよう言い残して消えてしまった。仕方なくひとり旅を続けるワタルは、危うく崖から落ちそうなところを剣部シバラクによって助けられる。そこへ復讐のためにやってきたシュワルビネガーが、火の玉を投げつけてきた。ワタルは何とか避け、シバラクは必殺の野牛シバラク流バツの字斬りで戦う。火の玉は怪獣に変わり、さらに斬られても再生するため埒が明かない。そこへモンジャ村の忍部ヒミコがひょっこりと現れ、忍法ペッタン手裏剣で怪獣をてなずけてしまった。

アップダウンシティへやってきた一行。この町は、第一界層のボス、クルージング・トムの部下サンダーブルーによって支配され、大きな声を出すと地面が上下するようになっていた。村人の情報によると、どうやら不思議な力をもつ「神部の笛」によって超常現象を起こしているらしい。神部の笛は、クルージング・トムが所有しており、それを取り戻せば、虹が元の色に戻るというのだ。しかし、クルージング・トムの居場所を特定できないワタルたち。そこへ、現れた鳥の姿の渡部クラマが偶然にも場所を知っていたため、案内役をお願いすることになったのだが…。

空腹のワタルたちはクラマに食べ物を探してくれるよう頼むが、一向に戻ってこない。仕方なく釣りをして魚でも得ようとするが、それもむなしく何も釣れなかった。そんな折、ブリキントンに襲われていた少女・サヨリを救出する。彼女が言うには自分の住むガラガラ村に来れば、腹一杯にご馳走が食べられると言う。喜ぶワタル達だったが、ガラガラ村は、第一界層のボス、クルージング・トムの部下ジョンタンクーガーによって、毎日食べきれないほどの食事を無理矢理食べさせられていた。実はタンクーガーは昔、太っていて村人から笑い者にされていた。その復讐のために村人を太らせようと企んでいたのだ…。

ついに第一界層のボス、クルージング・トムが直々にワタル一行抹殺のために行動を開始した。クラマは、クルージング・トムの城に誘き寄せるために策略する。一方ワタルたちは、ブリキントンに襲われている村人を救出する。村人の話によると、危ういバランスを保っている巨大な要塞が村の上空を覆い、いつ倒れてくるかわからない状況だ。なんとか塔に登って村を元の状態にしたいと思うワタルたちの所へクラマが現れ、ナゾナゾが解ければ城に登ることができるという。しかも「神部の笛」は城の｢笛の間｣にあるらしい。無事に笛の間にたどり着いたワタルたちは、「神部の笛」を発見する。しかし、それは「神部の笛」ではなかった…。

第一界層の虹を赤に戻し、次なる第二界層を目指すワタルたち一行。だが、そこはあらゆるものが「アベコベ」になった、ヘンテコな世界だった。ここ、アベコーベ市は、家々も天地逆なら、歩く人々も逆さま。男は後ろ向きに、女は逆立ちして歩かねばならない。すべては第二界層のボスであるデス・ゴッドと、その手下のDR.サッカー・サマーの仕業だ。アベコーベ市の住民を助けるべく、ワタルたちはさっそくサッカー・サマーの研究所に乗り込む。

すべてがアベコベの世界・第二界層。これを元に戻すためには、第二界層のどこかにあるという「真実の鏡」が必要だという。第二界層のボス、デス・ゴッドより先に鏡を手に入れようと、一行が次に訪れたのは、人間と動物の立場が逆転した奇妙な村。亀が子供をイジめ、牛が人間に荷車を引かせたりしている。第二界層のボス、デス・ゴッドの手下である狼男、ゼロニモが動物たちを操っているのだ。村人たちが反抗しようものなら、ゼロニモが魔神ムーンウルフを駆って大暴れする始末。そんな村を救おうと奮闘するワタルたちだったが…。

「真実の鏡」を探し求め、ワタルたちはドン・ギララ伯爵が支配するクロス・タウンへとやって来た。この町の住人は昼に眠り、夜になると活動する昼夜逆転の生活を強いられている。オマケに、ギララのキスマークによって人々の善悪の判断が逆さまになり、町は悪人だらけという有様だ。ただひとりの真人間・サクラから事情を聞き、ワタルたちはさっそく打倒ギララに動き出す。だが、そのサクラもついに捕らえられ、ギララの居城へと連れ去られてしまうのだった。

「真実の鏡」に関する手がかりを得ようと、ツク谷近くの村に立ち寄ったワタルたち。そこで一行は意地悪婆さん・おミツに激辛ダンゴを食わされ、通りすがりの美少女・モモに助けられる。モモの話によると、ドアクダーに支配されて以来、この辺りの水はすべて空に向かって落ちるようになってしまったという。「真実の鏡」が沈んでいるという湖も舞い上がり、水は今も宙に浮いたまま。そして、干上がった湖底から真実の鏡を拾い上げたのが、あの意地悪婆さん・おミツだったのだ。

「真実の鏡」が破壊され、呆然とするワタルたち。だが、鏡の破片にはおミツが本人とは似ても似つかぬ美女に、シバラクが美男子に映っている。つまり、壊されたのは「真実の鏡」ではなく「嘘の鏡」だったのだ。おミツから鏡を拾ったいきさつを聞き、ワタルたちは湖に落下した発光体が怪しいとにらむ。湖水が天に舞い上がったのも、実はその時からだったのだ。
　本物の「真実の鏡」が、どこかにあるかもしれない……。ワタルたちは発光体の落下点を捜索するが、湖底から掘り出されたものは、鏡ではなく奇妙なマシンだった。ところがこのマシンには、すべてを「アベコベ」にしてしまう力があったのだ！だが、そこに横取りのチャンスをうかがっていたデス・ゴッドが現れた。