普通の小学生として暮らしているワタル。彼はある日を境目に、人が変わったかのように悪事と喧嘩を繰り返すようになってしまった。そんな彼の元にシバラクとヒミコが現われる。魔界の王アンコクダーによってワタルの「良き心」が抜き取られているというのだ。神部界へと無理やり連行されたワタルは、モンジャ村の村人から救世主再来を歓迎される。しかし、「良き心」とともに救世主としての記憶を失っていたため意味がわからず、混乱してしまう。その時、シバラクが倒したはずの魔神・ジャイガンダーが復活。だが、「良き心」をアンコクダーによって抜き取られているワタルは、登龍剣をかかげても龍神丸を呼び出すことができない…。

第一界層でワタルがたどり着いた町は、バンジータウン。ここは、町の支配者・バンバンジーによって人々は足にゴムを括りつけられ、毎日バンジージャンプをさせられていた。バンジ―ジャンプが好きなバンバンジーが地震を起こし、無理やりバンジージャンプさせるような状態にしていたのだ。町を元に戻すためには、遙か谷底にある「バンジーロック」をバンジージャンプで取ってこなければならないという。底の見えない深さに怯えるワタルだったが、町を元に戻すため挑戦する。

次にワタルたちが訪れたのは、まるで巨大な野球盤と化してしまった町ボールパークタウン。この町を支配しているサンカンオーは、毎日のように野球盤ゲームをプレイし、巨大なボールの標的にされた家屋は、次々と破壊されていた。しかも、反抗的な町の人がいれば「良き心」を奪って配下に加えていっていた。そんな町で瓦礫に埋もれそうになっている老人とその孫アダールを救出したワタルたちは、この悪事をとめるべく、サンカンオーと野球盤ゲーム対決をすることになる。アタールは、ワタルに龍の炎さえも通さないという伝説の装備ドラゴングローブを託す…。

ホラー好きのウラメシヤンが支配するドロンドタウンは、彼の好みによって町人がみんなお化けに変えられている町。ウラメシヤンは、自分を怖がらせるよう町人に強制しているのだ。ワタルたちは、あらゆる手段でウラメシヤンを怖がらせようとするが、ことごとく失敗。逆にワタルたちは「この世で一番怖いもの」が見えてしまう術を架けられてしまう。しかし不覚にも、自ら術にはまってこの世で一番怖いものがドナルカミ大王であることを露呈してしまう。焦りいらだつウラメシヤンは、魔神オバケンダーを召喚する…。

コギャルが喜びそうな店が建ち並ぶチープリタウンへやってきたワタルたち。町の人々も老若男女問わずコギャルの格好をさせられていた。どうやらこの町を支配するエーコが好むような町になっているらしい。危ういところをガクによって助けられたワタルたちは、コギャルの恰好をして町に潜入することに成功する。町とエーコ自身を元の姿に戻すためには、エーコのカバンに付いているマスコットにガクの制服の第２ボタンを縫いつけるしかないらしい。そこでワタルたちは、エーコ主催のミス・チープリコンテスト開催中に、エーコ自身も出場をしている隙を狙ってエーコのカバンに第２ボタンを縫いつけようと画策するのだが…。

車輪付きの家々が、まったなしでレースさせられているサーキット村。元々は、誰でもレースを楽しめる良い村だった。そこで、ナビと名乗る少女を救出したワタルたちは、彼女から町を変えたカメニックの話を聞く。カメニックは、有能な整備士で、元々はナビの仲間だった。しかし、アンコクダーに良き心を奪われ、レーサー不必要なマシンづくりに留まらず、町までも改造をしていたのだ。この悪行を止め彼を元に戻すには、レースで優勝するしかない。ワタルは、整備兼レーサーとして参加することになる。レースは、ナビのアドバイスもあって見事優勝したのだが…。

光の獅子の山の麓までやってきたワタル一行。しかし、不安定な地盤とドナルカミ大王が対魔神用に張った結界により、容易に近づくことができない。スズメは、鳥神丸で山まで登ろうとするが、結界に弾かれて墜落してしまう。鳥神丸が落下した場所へ着いたワタルたちは、その近くの遊園地のような町へたどり着く。このアミューズタウンは、絶叫マシンが大好きなトップスピンよって支配されていて、なんと町全体を絶叫マシンに改造していた。町の中を探索をしていて、逆バンジーで山までたどり着く方法を考えたワタル。バンジーマシンの使用をかけてドードと絶叫マシン勝負をすることになる。ヒミコの納豆攻撃の加勢もあってワタルが勝利するのだが…。

何とか光の獅子の山へと到着したワタルたち。しかし、コマ状になっている作りのため、ちょっとでもバランスを保たなければ傾いてしまう。「聖樹とスズメ」、「シバラク」、「ヒミコとワタル」の３組に分かれて別の地点にたどり着き頂上を目指す。途中、ワタルとヒミコは、ひとりの老人と出会う。どうやら老人は、ここに住んでいるらしいのだが、腰を痛めて動けないらしい。しかたなく、ワタルは老人を背負って頂上へ登ることになった。老人を背負ったワタルは降り注ぐ雨の中、頂上を目指す。ついに光の獅子の神殿にたどり着いたワタル。そこにはドードが待ちかまえていた。ドードとの決着を付ける最中、老人が崖から落ちてしまう。老人を助けるためワタルも崖の下へ落下していく…。

第二界層は、樹木に町が栄えているような世界。この界層では、６つの花を咲かせなければ第三界層へ上がることはできないという。ワタル一行は、木の上にある小さな町を見つけ、そこでホタル族の少女ルスクと出会う。ホタル族は、綺麗な水がなければ生きていけない。しかし、貴重な水源の湖は、この町の支配者ルーメンが出すゴミによって汚染されていた。以前のルーメンは、物を大事にする老人だった。しかし良き心を失ってからは、通販グッズを買いあさり、飽きてはすぐに捨てる浪費家になってしまっていたのだ。ルスクはルーメンに作ってもらったオルゴールを見せ、元の姿を取り戻すよう必死に説得するが…。

ふたつめの花を探して、ワタルたちがやってきたのは、カオリタウン。ここは、かつて花々が咲き誇り、香水の名産地だった。しかし、くさい臭いが大好きという支配者メチャクッサーによって異臭漂うブリキの町に変えられていたのだ。町の唯一の生き残り、カレンからメチャクッサーの弱点が良い香りと知ったワタル。カレンが大事にしまっていた最後のバラを使って香水を作ろうと計画する。しかし途中、ドナルカミ大王の息子でドードの兄ドランの妨害を受けてしまう…。