救世主ワタルの活躍でドアクダーの支配から解放された創界山。だが、一見平和なこの世界に、新たな魔の手が忍び寄っていた。創界山の上空にある「星界山」が、ドアクダーの弟・ドワルダーの手に落ちたのだ。天に輝く7つの星――星界山の光は、創界山の虹に力を与えているという。その星界山がドワルダーに乗っ取られ、創界山の虹もすっかり色を失ってしまった。そして、人々の祈りが救世主を呼び戻す――。
　ワタルが創界山から戻ってしばらく後の、ある日。いつものようにシュンや由美と遊んでいたワタルは、龍神池で龍神丸と再会する。どうやら、創界山が新たな危機に見舞われているらしい。再び創界山へと導かれたワタルは、聖龍妃や翔龍子から詳しい事情を聞く。戦う決意を固めたワタルに、聖龍妃は新アイテム・星龍剣とフシギリ、回転円龍盤（フリフリ）を授けるのだった。

第一星界は、おもしろメルヘンの世界。ワタルたちが最初に足を踏み入れたのは、チーズ造りが盛んなマカロニスパゲシティだ。だが、この町の支配者・ムッチリーニはチーズが大の苦手。町の人々もチーズ嫌いにさせようと、町中に大量のチーズをバラまいているのだ。住民はそれを粗末にすることもできず、毎日ピザにして食べている。困り顔の人々のため、ピザの大食いに挑戦するワタルとヒミコ。早々にギブアップしたワタルを後目に、ヒミコは町中のチーズを猛烈な勢いで食べつくしていく。その様子をうかがっていたムッチリーニは、これは大変とばかりにヒミコを連れ去ってしまった。ヒミコを救い出そうと斜塔へと乗り込んだワタルは、そこでシバラクと再会する。

ワタルたちが次にやって来たのは、あらゆる物が半分になっているヘキヘキシティ。建物や乗り物、食べ物、そして町全体も……全てが壁で分けられ、人々は不便な暮らしを強いられている。この町の支配者・ハンブンブルグ兄弟はとても仲が良く、何でも半分こにしないと気が済まないのだ。
　町を分断する「ワリワリの壁」を飛び越え、ワタルたちは兄弟が乗る魔神ワッケルンに戦いを挑む。だが、合体と分離をくり返すワッケルンの「ハンブン攻撃」に、さすがの龍神丸も苦戦。

「星の風の宮殿」を探す中、闘牛が盛んな町・マゾリードに立ち寄ったワタルたち。この町の支配者・フトメーンはフラメンコが大好きで、彼女が踊るとなぜか牛たちが狂ったように暴れ出す。動物を自在に操るカスタネット「星のフラメンコ」を使い、牛をあおって人々を追い回しているのだ。
　町の少女・ミルクから事情を聞いたワタルたちを、フトメーンは自慢の牛たちで迎え撃つ。闘牛士となったワタルの相手は、筋骨隆々のゴツい牛・ナンシーロドリゲスだ。ワタルは難しい（？）クイズを出してロドリゲスを混乱させる作戦に出る。

「星の風の宮殿」を求めてガラシャにやって来たワタルたちは、そこでアルキデメスとその飼いブタ・パスカルに出会う。ここは第一星界のボス、ルイ・オマカセイの嫁、ハテナが支配する町だが、彼女の趣味はオラノピッグと呼ばれるブタの戦車レース。自らも巨大ブタ、トン・ジョンソンを駆って出場するほどで、人々のブタを適当に指名し、負けたら丸焼きにして食べてしまうという。だが、ガラシャの人々は、ブタを「神様の使い」として大切に育てている。いつ、自分のブタが指名されるのかと人々はビクビクしながら暮らしていたが、今回のレースで、ついにアルキデメスのパスカルが選ばれてしまったのだ…。

ルイ・オマカセイの挑戦を受けたワタルたちは、風車が立ち並ぶチューリップ村へとやって来た。ここは、第一星界で唯一花が咲く場所。この村で採れる特別な木で風車を造れば、「星の風」を起こすことができるのだ。だが、第一星界のすみずみにまで風を吹かせるには、やはり「星の風の宮殿」にある大きな風車を回すしかない。村人たちは毎日欠かさずそのネジを巻き直していたが、オマカセイに支配されて以来、それもままならなくなってしまっていた。
　町の少女・アノネから事情を聞き、ルイ・オマカセイが住む「星の風の宮殿」に急ぐワタルたち。

第二星界は、おもしろアドベンチャーの世界。アフリカ大陸思わせるこの世界は、かつては緑豊かな美しい場所だった。だが、ドアクダーの配下で第二星界のボス・クレオバトルが現れて以来、水は枯れ、地上は砂漠化の一途をたどっていた。
　灼熱の太陽の下、水を求めてさまようワタルたちは、砂漠のド真ん中で泉を発見する。近くに住む村人の話では、かつてこの一帯は多くの生き物が暮らす豊かな土地だったという。特に昔から住みついている砂ミミズは、畑を耕すなどして村人たちを助け、共存共栄していた。ところが、クレオバトルの部下・マミーが、心優しい砂ミミズを恐ろしい怪物に変えてしまったのだ。村は砂ミミズが吐き出す大量の砂に埋もれ、あたりは一面の砂漠となってしまっていた。

第二星界を救う鍵「星石」を探すうち、デカメレオンが支配するジャングルに迷い込んでしまったワタルたち。そこで敵の伝説の鳥キラミンゴ捕獲作戦の会議に出くわす。そこで幸運にも一行は、伝説の鳥・キラミンゴについての情報を得る。それによれば、キラミンゴが姿を見せるとき星石もまたこの世に現れるというのだ。キラミンゴを探してジャングルを進むワタルたちだが、そこに何ともヘンテコな鳥が登場。ワタルたちにすっかりなついた鳥は、「キラキラ～」と鳴きながら後にくっついてくる。
　一方、その様子をうかがっていたデカメレオンは、カメレオンのように体色を変化させてワタルたちに接近してきていた…。

キラミンゴから授かった「星石」は、一見するとまるで漬け物石。重たい石を抱え、ワタルたちは汗をふきふき「キラキラマウンテン」を目指す。ところが、ワタルが海火子と勝負しているスキに、「星石」が何者かによって盗まれてしまった！　犯人はザイーラ村の支配者・ナリキーン。大変にガメつい男で、村人たちから水を取り上げたあげく、無理矢理「デイヤモンド」と呼ばれる鉱石を掘らせていた。
　村の少女・ルビーから事情を聞き、ワタルたちはナリキーンの漬け物貯蔵庫へと急ぐ。ところが、中は漬け物石だらけ。どれが本物の「星石」なのか見分けがつかない。困り果てる一行に、容赦なく襲いかかる魔神タアバン。

「星石」を奪った大怪鳥・オオバドリを追う中、クレオバトルの手下・ジャンゴリラに襲撃されたワタルたち。その危機を救ったのは、ウガンダと孫のボンブ、象のエレファンだった。彼らは水のある場所を求め、各地を移動しながら暮らしている。エレファンには水を探し当てるという不思議な力があり、おかげでウガンダたちも不自由のない生活を送ることができていた。ところが、ジャンゴリラのせいで大地の砂漠化が進み、エレファンのエサである「ゾウカリの木」もすっかり減ってしまった。「星石」さえあれば……悔しがるワタルたちに、ウガンダはオオバドリの居場所を教えるのだった。